Najvyšším orgánom o. s. MARGARETA je Valné zhromaždenie, ktorého štatut je upravený v Stanovách. Všetci členovia občanského združenia majú právo zúčastniť sa jeho zasadnutí.
Do výlučnej posobnosti valného zhromaždenia patrí schvaľovanie stanov združenia a rozhodovanie o ich zmene. Voľba a odvolanie predsedu. Rozhodovanie o odvolaní proti rozhodnutiu predsedu o neprijati za člena združenia. Rozhodovanie o vylúčenia člena zo združenia. Rozhodovanie o dobrovoľnom rozpustení združenia a o jeho zlúčení s iným združením. Schvaľovanie hospodárenia a ročnej účtovnej závierky združenia. Rozhodovanie o koncepcii činnosti združenia a jej zmenách. Ustanovovanie stálych a dočasných komisií potrebných k plneniu cieľov združenia a voľba a odvolanie ich členov.
Valné zhromaždenie si može vyhradiť rozhodovanie veci, ktoré inak patria do posobnosti inych orgánov združenia.
Valné zhromaždenie sa koná najmenej 1x do roka. V prípade potreby je možné valné zhromaždenie zvolať kedykoľvek, vždy však ak o to požiada 10 % členov združenia. Valné zhromaždenie zvolává predseda písomnou pozvánkou vyvesenou najmenuj 15 dni před dňom jeho konania v sídle združenia. Pozvánka musí obsahovať termín, miesto a program valného zhromaždenia. Výnimky musí schváliť v každom jednotlivom prípade valné zhromaždenie.
Člen združenia sa zúčastňuje rokovania valného zhromaždenia osobne alebo v zastúpení splnomocnencom na základe písomného plnomocenstva.
Valné zhromaždenie je schopné uznášania ak sú prítomní členovia, ktorí majú aspoň 30% všetkých hlasov. Každý člen má jeden hlas. Členovia prítomní na konaní valného zhromaždenia sú povinní sa zapísat do listiny přítomných. Správnost listiny přítomných a uznášania schopnost valného zhromaždenia potvrdzujú svojimi podpismi osoby, ktoré podpisujú i zápis z valného zhromaždenia.
Valné zhromaždenie rozhoduje prostou väčšinou hlasov všetkých přítomných spoločníkov. Na rozhodnuti schválenia stanov združenia a rozhodovanie o ich zmene je však vždy potrebný súhlas nadpolovičnej väčšiny všetkých členov združenia.
Jednanie valného zhromaždenia je neverejné a riadi ho predsedajúci, ktorý je zvolený v úvode jednania na návrh predsedu.
Hlasovanie valného zhromaždenia sa koná verejne, aklamáciou ak na návrh ktoréhokoľvek člena, resp. jeho zástupcu nerozhodne valné zhromaždenie, že sa hlasuje tajne, lístkami.
O konaní valného zhromaždenia sa spíše zápis, v ktorom sa uvedú všetky skutočnosti rozhodné pre platné rozhodnutie, návrhy predsedu, komisií a členov a výsledky hlasovania, pokiaľ nerozhodne valne zhromaždenie ináč. Zápis zhotovuje zapisovatel zvoleny v úvode jednania a podpisujú ho predsedajúci valného zhromaždenia,zapisovatel a predseda združenia.
Štatutárnym orgánom združenia je predseda volený valným zhromaždením z radov členov združenia na dobu jedného roka. Funkcia predsedu zaniká až voľbou nového predsedu združenia.
Predseda zastupuje združenie voči tretím osobám, koná a podpisuje za združenie tak, že k písanému alebo tlačenému názvu združenia pripojí svoj vlastnoručný podpis.
Predseda operativne riadi činnost združenia a zabezpečuje realizáciu jeho cieľov v súlade s rozhodnutiami valného zhromaždenia. Zároveň koordinuje a usměrňuje činnost stálych a dočasných komisii. Rozhoduje vo všetkých veciach, v ktorých rozhodovanie nie je vyhradené valnému zhromaždeniu, teda najmä o prijatí za člena združenia, sposoboch, formách a metodách realizácie cieľa a predmetu činnosti združenia, priebežnom hospodárení združenia. Predseda je povinný zabezpečiť riadne vedenie predpísanej evidencie a účtovníctva a prehľad o stave majetku a hospodárenia združenia, viesť aktuálny zoznam členov združenia a prehľad o platení členských príspevkov jednotlivými členmi združenia.
Predseda je povinný pravdivo informovať valné zhromaždenie o záležitostiach združenia a vzájomne sa riadne a včas informovať vo všetkých otázkách týkajúcich sa združenia.
Stále a dočastné komisie
K plneniu cieľov a predmetu činnosti združenia može valné zhromaždenie ustanovovať stále alebo dočasné komisie.
Konkrétne úlohy, zloženie a trvanie týchto komisii určí valné zhromaždenie při ich ustanovení.